台北市有个三峡祖师庙，是台湾祈奉清水祖师最宏伟的寺庙，始建于乾隆元年(1736年)。

光绪二十一年(1895年)，日本强迫满清政府签订了《中日马关条约》，清政府被迫割让台湾岛给日本，引起了台湾人民的愤慨，奋起反抗日本侵略者。在台北三峡，清水祖师显灵，帮助当地居民抗日歼敌，打了一场胜仗，大灭日本侵略军的威风。

早在丧权辱国的《中日马关条约》签定前几天，消息就已经传到台湾。台湾三峡居民知道这一消息之后，便集合在祖师庙前商议对策。许多人高呼：

“反对不平等卖国条约！”

“日本人到台湾，绝不让他们有下场！”

三峡居民有很多祖籍为安溪的移民，他们把清水祖师的香火也传到了台湾。碰到有重大事情解决不了时，他们便跪在祖师公前占卜求祖师公指点迷津。这天他们就簇拥到祖师庙前，给祖师公点上三柱香，向祖师公说明来意，然后就投杯问祖师公神明，求他老人家明示。只见投完信杯之后，堂上祖师公的大红旗猎猎飘动，大家立即悟出祖师公下令迎敌抗战。大伙群情激愤，斗志昂扬，便以祖师庙作为军械库和粮库，加强训练，做好战斗准备。

这一天，日本军来了。只见前头的军官骑着高头大马，后头的士兵踩着皮鞋，步伐甚为整齐，发出沓沓的声响。瞧那模样，一幅目空一切、神气异常之态，丝毫不把中国人看在眼里。

进入三峡地面了，三峡居民埋伏在大路两旁高地上。忽然，祖师公的大红旗呼啦啦地飘动，这是祖师公指定的令旗。

“冲呀！”“杀呀！”

埋伏在路旁的居民挥着大刀、长矛、棍棒、锄头冲前去。

敌人一时没防备，措手不及，入侵者怎敌过反抗者的万丈怒火。但见刀起头落，枪到血流，锄头、棍棒打得日军嗷嗷哭叫……这一仗打得真解恨，杀伤日军一千余人，血流遍地，留下百余具尸体。体现了不屈不挠的中华民族英雄气慨。

日军恼羞成怒，焚毁了三峡祖师庙直进行报复。但台湾人民更加崇信祖师公，在旧基又重新建了庙。就这样，烧了建、建了烧、烧了再建，先后建了三次祖师庙，而且越建越宏丽堂皇。

日军越残酷镇压台湾百姓，百姓反抗越强烈。常常有士兵失踪、营房失火的奇事发生。日军中纷纷传说是一个黑面大汉带人干的，老百姓说这是祖师公显灵惩恶，一传十、十传百，日本人听了胆战心惊而又无可奈何。

现存的台湾三峡祖师庙,为五门三殿式的布局，用观音石砌筑，精雕细琢，仅石柱就有156根之多。祖师庙的浮雕、木雕、石雕上的内容取自“木兰从军”、“岳飞精忠报国”等中华民族“忠孝节”的历史故事，均栩栩如生、形象逼真。屋粱涂朱抹红，或嵌以金箔，金光闪闪。屋粱旁的斗拱刻有罗汉和狮子，维妙维肖，细腻自然。藻井为螺旋形结构，精雕数百朵莲花。五门皆铜铸而成，上有精细浮雕，石壁之间也有铜铸浮雕，均出名家之手。三峡祖师公庙被公认为台湾庙宇艺术雕饰的杰作，享有 “东方艺术殿堂”的美誉。

如今，当游客、香客来到三峡祖师庙游览参观时，庙祝便会向人们讲述当年祖师公指挥三峡居民歼敌的美丽故事。